Cuốn lịch sử Nhật Bản được biên soạn trên cơ sở tham khảo 165 công trình khoa học, trong đó có 90 đơn vị tiếng Việt, 36 đơn vị tiếng Anh và 39 đơn vị tiếng Nhật. Các tác giả rất coi trọng việc tham khảo trực tiếp tài liệu tiếng Nhật để cố gắng sử dụng một số tư liệu gốc và cập nhật những thành tựu nghiên cứu của các tác giả Nhật Bản.