Công trình Khảo cổ học Nam Bộ được hình thành trên nền tư liệu thu thập từ dự án Điều tra cơ bản và hệ thống hóa tư liệu khảo cổ vùng Nam Bộ giai đoạn 1976 - 2005 do Viện Hàn Lâm Khoa học xã hội Việt Nam giao cho trung tâm Khảo cổ học - Viện Khoa học xã hội vùng Nam Bộ thực hiện từ 2006 - 2010, được chia làm 2 giai đoạn: