Chương I: CHÍNH SÁCH TÔN GIÁO VÀ NHÀ NƯỚC PHÁP QUYỀN: MấY VẤN ĐỀ LÝ LUẬN, đề cập tới những nội dung: chính sách tôn giáo - một chính sách công; chính sách tôn giáo trong nhà nước pháp quyền: với những vấn đề cơ bản của nhà nước pháp quyền và tôn giáo; những nguyên lý cơ bản giải quyết mối quan hệ nhà nước pháp quyền và tôn giáo; nội dung chính sách tôn giáo. Tác giả cũng trình bày hệ thống các mô hình nhà nước thế tục tại Pháp, tại Mỹ; những ảnh hưởng của hai mô hình thế tục Pháp, Mỹ; mối quan hệ giữa “nguyên lý thế tục” và quyền tự do tôn giáo; những kinh nghiệm xây dựng nhà nước thế tục trên thế giới (Nga, Trung Quốc, Nhật Bản, các nước Đông Nam Á, các nước Islam giáo Bắc Phi - Trung Đông).
Chương II: ĐỜI SỐNG TÔN GIÁO VIỆT NAM HIỆN NAY: NHỮNG VẤN ĐỀ ĐẶT RA TRONG MỐI QUAN HỆ GIỮA NHÀ NƯỚC VÀ GIÁO HỘI đề cập tới sự biến chuyển đời sống tôn giáo thế giới với những dự báo đầu tiên và góc nhìn xã hội học; những biến chuyển trong đời sống tôn giáo ở Việt Nam với góc nhìn từ phía các tôn giáo, từ giới học thuật.
Chương III: ĐỔI MỚI VÀ SỰ CHUYỂN BIẾN CỦA CHÍNH SÁCH TÔN GIÁO đề cập đến tiến trình lịch sử của chính sách tôn giáo ở Việt Nam từ thời phong kiến, qua thời Pháp thuộc đến chính sách tôn giáo của chính quyền Sài Gòn (1954-1975), rồi chính sách tôn giáo thời kỳ Đổi Mới và chính sách đối với các tôn giáo cụ thể. Trong chương này, tác giả cũng đề cập đến thái độ của các tôn giáo trong việc tiếp nhận sự đổi mới chính sách tôn giáo.
Chương IV: TÔN GIÁO, CHÍNH SÁCH TÔN GIÁO VÀ NHÀ NƯỚC PHÁP QUYỀN đề cập tới động thái mới của đời sống tôn giáo và những dự báo; tôn giáo và xã hội ở Việt Nam hiện nay; quá trình hoàn thiện luật pháp tôn giáo; chính sách tôn giáo và nhà nước pháp quyền; pháp trị và tôn giáo; những vấn đề đặt ra với nhà nước pháp quyền và tôn giáo Việt Nam.