Nội dung cốt truyện Bí mật bị thời gian vùi lấp xoay quanh cuộc sống và tình yêu của nhân vật Tô Mạn. Tô Mạn, là người dẫn chuyện, với một sự tin tưởng vào tình yêu hoàn hảo, là một người có khả năng yêu đơn phương suốt mười năm trời. Cái tình yêu đó, từ một sự ngưỡng mộ của cô học trò trên ghế nhà trường, đã có thể bùng cháy thành sự cuồng nhiệt của kẻ bỏ việc chạy theo tình yêu. Cô là một người dám nghĩ dám làm, là một người khó có thể tìm thấy ở bất kỳ đâu giữa xã hội hiện đại náo nhiệt này...
... Cậu đã yêu ai nhiều như thế chưa? Yêu thầm người ta mười năm liền?
Phải, yêu thầm người ta nhiều đến nỗi, chỉ vì một câu nói “Tiểu học muội, anh ở đây chờ em” mà sống chết cũng phải thi vào Đại học Thanh Hoa, nhiều đêm vừa bật khóc nức nở vì mỏi mệt, vậy mà lại gạt nước mắt lên tiếp tục ôn bài.
Cũng chỉ vì người đó, mà ngang nhiên bỏ công việc ổn định hiện tại, cố sống chết cũng phải vào làm cùng chỗ với người ta. Cho dù không thể gặp mặt, chỉ cần hàng ngày hít thở chung bầu không khí, vậy là mãn nguyện rồi.
Cậu đã yêu ai nhiều như thế chưa?...
Chàng bạch mã hoàng tử của Tô Mạn chính là Tống Dực. Một Tống Dực tài ba hào hoa, được nhiều người ngưỡng mộ cùng lắm kẻ ganh ghét, thật ra cũng chỉ là kẻ luôn tự ám ảnh mình với những hình ảnh của một cô gái đã chết. Nỗi ám ảnh đó, từ một tình yêu tuyệt vời đối với anh, đã trong phút chốc có thể biết thành sự tội lỗi dằn vặt suốt đời. Nó khiến cho anh không thể nào tự giải thoát, thậm chí có thể bắt những người khác chịu chung số phận khổ đau. Anh, chỉ là một kẻ ích kỉ không hơn không kém, nhưng cũng là một kẻ may mắn.
Mọi chuyện bắt đầu thay đổi vào một chiều mùa hạ, dưới rặng bạch dương man mát hơi mưa, cô cúi nhặt quả bóng người ta đánh trượt, nhưng lại để rơi trái tim thiếu nữ. Anh đợi em ở Thanh Hoa… Nhiều năm trôi qua, Tống Dực đã đẩy câu nói ấy vào một góc dĩ vãng, nhưng cô gái nhặt bóng của anh thì luôn cất giữ trong tim, để mỗi lần rơi nước mắt đều sống dậy hoài niệm và buộc mình kiên cường thêm lần nữa. Cô đi theo bước chân anh, tìm đến mọi nơi anh từng xuất hiện, nhưng mãi vẫn không dám tiến tới trước mặt anh mà nói, “Tống Dực, em yêu anh!”...
Truyện khi khép lại cũng như lúc mở đầu, một cuộc tình đơn phương, một ánh mắt dõi theo vô vọng... Câu chuyện tình yêu được dựng nên trong Bí mật bị thời gian vùi lấp không chỉ xoay quanh Tô Mạn và Tống Dực, còn là về Hứa Liên Sương - một con người có tuổi thơ phức tạp, có thể trở thành một Ma Lạt Năng đầy sức sống, vui vẻ cùng khoáng đạt, tự do tự tại trước mặt người bạn thân Tô Mạn mà cũng có thể trở thành một người con gái dịu dàng, còn có thể yêu thích chính cái tên của mình trước Tống Dực; hay là về Lục Lệ Thành - một con người đầy tài năng, tự tin cùng mưu mô trên thương trường, nhưng cũng là một người ấm áp, và khá dè dặt trong tình trường... Liệu mỗi người có thể có được một kết thúc như mình mong muốn? Hạnh phúc thực sự có thể mỉm cười với tất cả sau bao nhiêu đợi chờ, day dứt? Hãy cùng khám phá câu trả lời.